Bei der Entstehung erster informationstragender DNS-Sequenzen ist exon-shuffling von keinerlei wahrscheinlichkeitssteigernder Bedeutung, wie folgendes Beispiel zeigen soll:
Wir nehmen folgenden Werbeslogan: „Probieren Sie unsere Produkte und Sie werden begeistert sein“. Wir können diesen Satz in zwei Teilsätze zerlegen:
1. „Probieren Sie unsere Produkte“
2. „Sie werden begeistert sein“
Beide Sätze sind verbunden mit “ und „. Die Wahrscheinlichkeit der zufälligen Entstehung des ersten Satzes mit ANSI-Zeichen ist:
25629 = 6,90 · 1069
Die Wahrscheinlichkeit der Entstehung des zweiten Satzes beträgt:
25626 = 4,11 · 1062
“ und “ entsteht mit einer Wahrscheinlichkeit von:
2565 = 1.099.511.627.776
Diese drei unabhängig entstanden Satzteile fügen wir nun zusammen. Wie hoch ist die Wahrscheinlichkeit?
6,90 · 1069 · 4,11 · 1062 · 1.099.511.627.776 = 3,12 · 10144
Wir hoch ist nun die Entstehung des ganzen Satzes auf einen Schlag?
25629 + 5 + 26 = 25660 = 3,12 · 10144
Das Zerlegen in Teilprobleme erhöht für das eigentliche Problem somit nicht die Wahrscheinlichkeit für die Entstehung (es geht ja bei der Entstehung eines ersten Lebewesens nicht um Veränderung). Ob eine Aminosäuresequenz also in Modulen entsteht (ob diese nun Funktionen aufweisen oder nicht spielt keine Rolle, da etwaige Funktionen zu diesem Zeitpunkt ja ohnehin niemandem etwas nutzen), die sich dann zusammensetzen, oder ob sie auf einen Schlag entsteht, ist für die Wahrscheinlichkeit gleichgültig.
Das aus der Informatik bekannte Prinzip des modularen Programmierens darf mit dem oben beschriebenen Szenario nicht verwechselt werden. Ein intelligenter Designer entwickelt Unterprogramme (Module), die er dann durch eine Referenz (den Modulnamen, eigentlich den Pointer einer Funktion) und oftmals Übergabeparameter aufruft. Diese einzelnen Module kann man hinterher optimieren und dies hat dann eine positive Wirkung auf jede Stelle im Programm, an der das entsprechende Modul aufgerufen wird. Ein Äquivalent gibt es in der Molekularbiologie nicht. Im Sequenzraum einer DNS gibt es keine Verweise auf Module (quasi Sprungadressen, Übergabeparameter und anschließendes Return). Nur so macht ein modularer Aufbau aber Sinn. Kopiert man ein Modul einfach in den Code hinein, so setzt das bereits einen Kopiermechanismus voraus, den es in der Biologie nur in Lebensformen geben kann, die reproduzierende Funktionen besitzen. Da der Nachschub an „Teilstrukturen“ fehlt, kann man nicht herumprobieren, bis etwas besseres entsteht. Daher bleibt die Wahrscheinlichkeit der Entstehung erster informationstragender DNS-Sequenzen vom exon-shuffling unberührt.